MAF. Cecilia Cancino

Добрый день, друзья! С вами Ирина Бормистрова. Одна из важных научных преми Австралии - это Эврика Прайс австралийского музея. Среди финалистов этого года, доктор Маша Чувочина, старший научный сотрудник университета Ольборга в Дании. Маша работала над базой данных гимномной токсономии, созданный университетом Куинзландом. Как говорится, на сайте премии, база была создана в 2017 году, для стандартизации, классификации, бактерий и архей. Ежемесячные к ней обращаются более 10 тысяч раз, и сайт стал ведущим мировым ресурсом по микробной токсономии. Маша у меня сейчас на связи из Новой Зеландии. Здравствуйте, и спасибо за вашей время. - Здравствуйте, спасибо большое. - Поговорим сейчас, обязательно об этом проекции, но для начала хотелось бы и немножечко, а вас, если я правильно понимаю, вы учились в России, потом писали десертацию во Франции, 12 лет работали в Куинзландии, и сейчас работаете в Дании, и с самого начала это было связано именно с микробиологией. Как вас эта отрасль привлекла? Откуда у вас этот интерес к малым формам жизни? - На самом деле, я не скажу, чтобы я изначально была в микробиологии, училась в Краснодаре на биофаке и специализировалась по биохиме, собственно, то есть микробиология, это была частью, скажем так, наши практики в биохимических и методы, а после того, как я закончил университет уже на последний, где-то месяцах появилось предложение о аспиронтуре, как бы совместной аспиронтуре между Франции России, и направление было собственно, молекулярная биология, применимая к микробной экологии. Продолжение было заманчивать на тот момент, я, как бы еще не понимала, тоже хочу ли я продолжил дальше учиться в академии, либо уже идти куда-то по профессии, но по профессии биохимия на тот момент была скорее клиническая, то есть надо было идти куда-то работать в лабораторию, делать какие-торутиные тесты, что особо меня не привлекало. Продолжение по аспиронтуре было очень заманчивым, потому что это был проект между государственной, да, то есть это бонациональный проект Франции России по обурению подлинникового озера Восток. Сидут антартики, антартические экспедиции, и так далее вот работа с альдом и снегом, и собственно посмотреть, какие микроганизмы могут жить или присутствовать в альду, которые могли бы потенциально жить подлинникового мозра, под четыре километрами в антартизе. Вот, собственно, это было очень заманчиво, поэтому я сразу начала аспиронтуру после окончания университета, по маликулярной биологии, применительно к випробному разнообразию. В основном это было работа в лаборатории, и я работала с снегом, с снегом с Момблана, был очень интересный проект, и мы смотрели, собственно, какие микроганизмы могут быть занесены из внимания, из тахары, из пустыни, она будет план, потому что каждый год в Европе бывают, так называемые "даст-event" или "даст-тон", когда есть тахары, поднимается пыль, и за счет того, что она поднимается в высокие слои атмосферы, она может переноситься в значительные расстоянии, потом куда-то опадать, и во Франции вытали очень часто люди могут наблюдать вот эту такую жавую пыль, по определенной периоду года, и она седает на снегу, собственно, тоже на ледняках, на снежных покровах, и это один из таких трансмитров, которые могут переносить микроганизмы вместе с этой пылью, собственно, и было интересно нам посмотреть, а что, если из пустыни, так как пустыни - это довольно экстремальную слою, там днем может быть жарко до 50 градусов, оно чуть все это опускается до негативной температуры, могут ли микроганизмы, которые переносить в пустыни, потом каким-то образом выживать на снежных покровах, но и, собственно, после того, как я закончила спирантуру по этой теме, так как я училась между Франции и России, то есть это была спирантура с Амбитербургия и Гренобль, то есть у меня было два супервазера, у меня два диплома, я попал изначально на проект, который вот мы делаем сейчас по базе данных, тоже довольно-таки случайное бы сказала, то есть после спирантуры поехал в Австралию, у меня французский муж, которого первая тоже он закончила спирантура, первая работа была в Австралии, собственно, и вот мы переехали, и моя первая работа была связана о тоже с микробной экологией в мандровых зарослях, одновременно я тоже смотрела, что происходит в нашей области и мой научный руководитель, которым сейчас я работаю в фил, собственно, на тот момент они были пионерами по метогеномике, это такое направление в микробиологии, где мы можем посмотреть на микроорганизмы сразу из окружающей среды из образцов, то есть мы не культивируем такой-то на чашках, а мы берем образец воды почвы, я не знаю, там растений, и можем посмотреть на все раз на образе микроорганизмы, которые встречают в этом образце, собственно, на тот момент фил и джентайза она не были пионеры, это в направлении, потому что это много всяких информаций и прочих, и было сложно к ним попасть, потому что это были как рог звезды, которых не дотянуться вообще, но случайность не случайность, я попала в лабораторию, Австралия с этой файкой ченомикс, и фил на тот помер предложил мне, как бы первое направление было, я работала с больше в лаборатории, собственно, с Бейхиме, вот с микроорганизмами и стермитов, а потом в 2015 году он получил Лорет Филошип, Лорет Филошип, это довольно-таки престижное гран-степенде для сейни-ресетча, с престижное преми ученой, тем более на, как бы уже на высоком уровне, у него есть возможность развить какой-то определенное направление, и уже достаточно грубо говоря, знанию умения и всего, чтобы это сделать, и Австралийские грантовые программы, да, они вот дают такой большой кусок денег, грубо говоря, на то, чтобы именно какой-то проект развить, на и меньшими рисками, грубо говоря, далее хорошие деньги на 5 лет, значит, у него давно взрел этот момент, что потому что вот со все этими-то геномикой, собственно, люди начали генериировать большое количество данных, и начали собирать геномы микроорганизмов по кусочкам, из окончающей среды. Это нужно было все как-то организовывать, а организуем как организуем мы через классификацию. Изначально эта вся система была заработана для растений, потом применена биологии, как бы в широком направлении, и в микробиологии, собственно, тоже есть классификация, это тоже самое, что генеологические деревья, там, устроена, например, кто папа, кто дети, да, а Фил появилась такая идея, что типа, почему нам не сделать базу данных, где мы будем брать геномы всех микроорганизмов, которые существуют в открытом доступе, и мы строим дерево, мы строим генеологию, грубо говоря, кто родитель, кто дети, у каждого из микроорганизмов, да, грубо говоря, там бактерии у нас в архии. Это огромная, конечно же, дерево, то есть это нужно было разрабатывать много новых инструментов бенформатических, чтобы все это обрабатывать, плюс это огромное число в плане данных. Наш, скажем так, центр был уникальный в том плане, что были ресурсы и были люди, которые могли разрабатывать эти новые инструменты. И в 2017 году у нас был первый открытый релиз, мы сделали сайт, и запустили этот продукт в 2018, мы публиковали первую статью. Вот, это да, это началось вот так. Если совсем простыми словами говорить для человека, который не очень в этом разбирается, почему это важно, почему нам важно иметь в одном месте, в одной базе, вот эту всю информацию, как это нам помогает, как человечество. Да, это очень хорошие вопросы. На самом деле, вот я сейчас на конференции здесь на Мазеландии собираю истории, которые именно иллюстрируют как раз вот это. То есть, в чем значимость, филогентические, стандартизированные классификации, то есть зачем мы вообще это делаем? Пример много. Сейчас очень много инструментов тоже модели, которые тренируют на наших данных, но если коротко это важно для организации данных и для понимания того, кто кому родственник, а когда мы знаем, кто кому родственник, то если нам что-то интересное, если мы, например, знаем какая-то бактерия, например, там может грубо говоря и не знаю, перерабатывать определенные вещества, или там или вырабатывать какой-то фермент, который нам интересен, например, там я не знаю, это может быть фундаментально, это может быть с позицией индустрии, да, посмотреть, если у этого микроорганизма он, например, обладает этим ферментом, да, мы знаем его родственников, возможно, они тоже это делают, могут ли они делать, не могут ли это делать, возможно, мы можем поискать тех, кто тоже это делает, может быть, у них есть фермент такой же гомолог, который может это делать здесь трасс лучше, это как навигационная система, которая позволяет ученым быстренько посмотреть и понять, как какие-то метаболические процессы связаны между собой у организмов, которые родственники, как они эволюционировали, то есть какие-то свойства, которые либо на мой канал. интересные с фундаментальной позиции, там это может быть, например, мобильность у микроорганизмов, есть микробы, которые могут плавать, да, у них есть там флагела, есть и которые не могут. И с фундаментальной позиции это довольно интересно. Это показывает, во-первых, процесса эволюции. И это помогает, например, вот недавно была статья очень хорошая, по-моему, в прошлом году, где люди задались вопросом, то есть были пациенты, которые не отвечали на определённые химотераты, то есть больной раком, кто-то был как-то сказать, на кого-то действовало, да, там терапия, определённо, кого-то нет. И оказалось, что там была определённая группа микроорганизмов, связана вот с именно с этими процессами, но не могли никак понять, что вообще кто это, ну вот кто-то медиатор, да, почему какие-то пациенты, грубо говоря, там на определённый тип химотерапии, они не отвечают. И оказалось, что только в нашей таксономии не смогли проследить родственность этих микроорганизмов, и понять, что, оказывается, вот только вот эти микроорганизмы именно, они оказываются родные друг другу, и именно они отвечают за то, что пациенты не отвечают на определённую химотерапию, например, да. Ну и плюс это да, это важно для всех, кто ищет какие-то новые микроорганизмы, потому что ты что-то нашёл в окружающей среде, тебе интересно, ага, кто, вообще, это уже, это первый раз я нашёл, или уже кто-то нашёл до меня, а где-то ещё встречается, родственник, например, я нашёл что-то там в горячих источниках на Зеландии, а этот микроорганизм, а ещё где ещё встречался, где-то, например, может быть, там на кончатки, да, в горячих источниках, это тот же самый микроорганизм, или нет, и это, например, с фундаментальной позиции биогиографии, очень такой интересный момент, воняет, как микроорганизма распространяются вообще по земному шару, какие факторы влияют на их распространение, фасфикация тут важна, то есть это как паспорт, грубо говоря, кто-то и кто-то вы родители, родственники ли вы, если вы родственники, ага, значит, вас что-то объединяет, вас объединяет какие-то процессы, вы можете вот это вот делать, и потом уже побочным эффектам могут появиться какие-то интересные тоже коммерческие проекты. Это дико-интересно, меня поразило вообще количество этих маленьких, да, микроорганизмов, я прочитал, что ежемесячно в базе данных, секвинируется более тысячи новых видов микроорганизмов, и это невозможно уложить в своей голове, что каждый месяц ещё тысяча получается, открывается или добавляется, сколько жих, то для вообще, в принципе, да, во-первых, я должна, наверное, говорится, что наша база, не база, где мы депонируем эти геномы, то есть мы берём их с другой открытой базы, берём данные, обрабатываем, строим деревья, и потом классификацию, которую строясь в наших деревьях, мы даем в свободное плавание, грубо говоря, микробное разобразное оно огромное, это один из самых больших, как бы то сказать, доменов, да, в жизни, то есть у нас есть теория, что у нас есть два домена, либо три домена, это аркей, бактерии и укреоты, и у бактерии, побёро разнообразию, мы ещё грубо говоря, не достигли планки, где вы могли сказать, ага, мы уже вот все виды описали, нет, мы описали только очень маленькую часть, там меньше 1%, большинство, мы не можем культивировать, то есть мы не можем это выращивать на чашках, наш земно-шар огромный, микробразный разнообразия тоже, и в этом году у нас был milestone, первый раз, через нашу базу данных прошло более миллиона, геномных секвенсов, более миллионы, то есть это было такое, wow, да, это было очень большие, потому что мы понимаем, что конечно же число данных растёт, и мы тоже должны будем адаптироваться, то есть наш весь процесс того, как мы строим эти деревья, нам придётся, да, всё это адаптировать к креальностям этого огромного биразнообразия, как ваша команда отреагировала, когда вы узнали о том, что вас номинировали на премию эврика, но мы были рады, конечно, я так скажу, мы подозревали, что что это случится, потому что на скале, собственно говоря, предложил номинироваться, так как он получил тоже эту премию несколько лет назад, не так давно на самом деле появилась, потому что эврика-прайс у них есть разные категории, и категория баз данных появилась не так давно, и это действительно очень важно, потому что на данный момент очень много в биологии зависит от баз данных, ну и когда мы узнали, конечно, мы уже подозревали, что так как у нас, да, больше 15 тысяч сайтейшенс, как это отцитирование, пользователи со всех континентов, то есть у нас более 170 стран люди, которые пользуются нашей базы данных, обхват огромный, и то есть мы знаем, что у нас более 20 другие базы, которые пользуются нашей таксономии, которые включают её в свои, поэтому как бы мы обрадовали, но мы не были удивлены, скажу, потому что мы понимаем, что да, мы достигли уже довольно-таки солидного уровня, то есть если раньше мы ещё как-то там развивали, что-то добавляли какие-то там новые, и я не знаю, то сейчас мы уже, да, мы уже так у нас солидного уровня, где люди нас знают, на конференциях, да, люди подходят, там говорят, спасибо, это такой классный продукт, да, мы пользуемся, там супер, давайте, да, но как бы мы не знаем, собственно, будем ли мы победить или нет, то есть в нашей категории там, конечно же, мы не одни, то есть ещё две другие базы данных, поэтому это будет сюрприз, да, но я вас поздравляю, это в любом случае огромный успех, то что вы сделали вместе с командой, по-моему, потрясающе, под конец, я думаю, что у многих наших слушателей, с начала интервью остался этот вопрос, всё-таки могут ли действительно микроорганизмы и спустыне сахара выжибать в снегу гор французских? Этот вопрос никто не знает, на этот вопрос моя спера, в инфирантору не успела ответить, и тут тоже такой момент, потому что одно дело - это бионформатика, и когда мы смотрим на микроорганизмы с позиций данных, и совсем другое - это когда мы смотрим с позиций, а могут ли они сеть на расти, физиологии, и физиологии на тот момент мы не делали, то есть мы делали только вот читали, грубо говоря, ДНК, и по ДНК мы смотрели, окей, кто там живёт, и там жили данные, эти интересные микроорганизмы, то есть те, которые спустыне, те, которые, возможно, могут жить с снегу, потому что у них есть для этого адаптационные свойства, но чтобы проверить, чтобы доказать, нужно это вырастить, а это уже довольно-таки долгий проект, некоторые проекты по пятнадцать лет, собственно, пытаются вырастить. В моем, в моем дезертации я написала, что, возможно, никто не знает, чтобы узнать, нам понадобится ещё и на количество лет. Прекрасно, спасибо большое, Маша, очень интересно.